Fundación
El Club Deportivo Lobos de la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán fue fundado oficialmente el 10 de agosto de 2010. Inicialmente se llamó Jaguares de la UPNFM, pero, tiempo después, un asunto legal obligó al club a adoptar el lobo como mascota. El club inició con las siguientes disciplinas: fútbol, taekwondo, baloncesto, balonmano, voleibol y fútbol sala.
Justamente en ese año -2010- , ante una reforma hecha a la Liga de Ascenso de Honduras, que obligaba a los clubes Olimpia, Motagua, Real España y Marathón retirar sus respectivas filiales en esa liga, se habilitaron nuevos cupos. Jaguares de UPNFM, como ejemplo concreto, ocupó la plaza dejada por las Águilas de Motagua.
De esa forma, los Jaguares de UPNFM comenzaron su historia en el fútbol profesional a partir del Torneo Apertura 2010 de la Liga de Ascenso. El club comenzó su proyecto con treinta jugadores de la academia, así como con algunos jóvenes provenientes de las reservas de Olimpia y Motagua que, paralelamente, realizaron estudios en el alma mater.
Para el siguiente torneo, Clausura 2011, los Jaguares de UPNFM dieron la sorpresa al finalizar en la primera posición del Grupo A de la Zona Central. Eso les permitió acceder a la liguilla, en donde cayeron eliminados ante el Atlético Municipal de Santa Cruz de Yojoa.
A pesar de ser un club de segunda división, por sus filas han pasado personalidades del fútbol hondureño. Como jugadores: Danilo Turcios y el colombiano Mauricio Copete y, como entrenadores: Nahúm Espinoza, Eduardo Bennett y José de la Paz Herrera.
A partir del año 2014, el club Jaguares de UPNFM sufrió una reforma y pasó a llamarse Lobos de la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán.
El club se mantuvo en la Liga de Ascenso de Honduras entre el Apertura 2010 y el Clausura 2017, totalizando, en ese sentido, catorce torneos en el segundo máximo nivel del fútbol hondureño.
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