Manuel Bonilla puede referirse a varias personas:
- Manuel Bonilla (cantautor), cantante y compositor de música cristiana.
- Manuel Bonilla Atencio, futbolista panameño.
- Manuel Bonilla Chirinos, expresidente y político hondureño.
- Manuel Bonilla Elhart, niño héroe de Perú y de la guerra del Pacífico.
- Manuel Bonilla Valle, maestro y político mexicano.
- Manuel Casimiro Bonilla, militar e historiador peruano.