En 1979, obtuvo una licenciatura en Historia natural, por la Universidad de São Paulo; y, tanto la maestría en Biología Vegetal, en 1982, defendiendo la tesis: El orden Rutales en la sierra del Cipo, Minas Gerais, Brasil; y, el doctorado por la misma casa de altos estudios, en 1989, con la defensa de tesis: Revisión taxonónima de 'Picramnia' Sw. (Simaroubaceae) en el Brasil.
En 1994, realizó un posdoctorado, en el New York Botanical Garden, siendo becario del National Geographic Society.
Algunas publicaciones
LOEUILLE, Benoît; NAKAJIMA, J. N.; OLIVEIRA, D. M. T.; Semir, João; PIRANI, JOSÉ . 2013. Two New Species of Heterocoma (Asteraceae: Vernonieae) and a Broadened Concept of the Genus. Systematic Botany 38: 242-252
EL OTTRA, J. H. L.; PIRANI, J. R.; ENDRESS, P. K. 2013. Fusion within and between whorls of floral organs in Galipeinae (Rutaceae): structural features and evolutionary implications. Ann. of Botany 111: 821-837
RANDO, JULIANA G.; LOEUILLE, BENOIT; PIRANI, José Rubens. 2013. Taxonomic novelties in Chamaecrista (Leguminosae: Caesalpinioideae) from Brazil. Phytotaxa 97: 17-25
DIAS, PEDRO; UDULUTSCH, RENATA GIASSI; PIRANI, José Rubens. 2013. A new species of Metrodorea (Rutaceae) from Brazil: morphology, molecular phylogenetics, and distribution. Phytotaxa 117: 35-41
PAULA-SOUZA, J.; PIRANI, J. R.; HOFFMANN, M. H.; ROSER, M. 2013. Reappraisal of names and lectotype designations in the South American genus Anchietea (Violaceae). Schlechtendalia 25: 63-67
GROUPPO, Milton; PIRANI, José Rubens. 2013. A Revision of Hortia (Rutaceae). Systematic Bot. 37: 197-212
LOEUILLE, B.; LOPES, J. C.; PIRANI, José R. 2012. Taxonomic novelties in Eremanthus (Compositae: Vernonieae) from Brazil. Kew Bull. 67: 1-9
LOEUILLE, B.; SEMIR, J.; HIND, D. J. N.; PIRANI, J. R. 2012. Three new species of Piptolepis (Compositae: Vernonieae) from Minas Gerais, Brazil. Kew Bull. 67: 11-18
Libros
PIRANI, J. R. 2000. Flora dos Estados de Goiás e Tocantins. Picramniaceae. Goiânia: Univ. Federal de Goiás, 22 pp.
PIRANI, J. R.; CORTOPASSILAURINO, M. (orgs.) 1993. Flores e Abelhas em São Paulo. São Paulo: EDUSP - Editora da Univ. de São Paulo/ FAPESP, 192 pp.