Protogenia o Protogenea (en griego antiguo Πρωτογένεια, «primogénita») es el nombre de varios personajes de la mitología griega:
- Protogenia, hija de Deucalión y Pirra. Con Zeus fue madre de Aetlio o de Opo, o además, de forma dudosa, también de Doro, Melera y Pandoro.
- Protogenia, identificada con Cambise e hija del anterior Opo. Fue raptada por Zeus en las tierras de Opunte y desde allí la llevó hasta las sierras del Ménalo. Allí se la dio a Locro para desposarse con ella.
- Protogenia, una de las Erecteides o hijas de Erecteo, el rey de Atenas. Cuando Eumolpo a la cabeza de sus tropas tracias invadió el Ática, un oráculo consultado por Erecteo le dijo que para lograr la victoria debía sacrificar a su hija Ctonia, quien fue conducida voluntariamente al altar. Sus hermanas mayores, Protogenia y Pandora, se suicidaron pues habían jurado que lo harían en caso de la muerte de alguna de ellas. Se las suele llamar Hiacíntides porque su sacrificio tuvo lugar en una colina llamada Hiacinto.
- Protogenia, hija de Calidón y Eolia. Ares la hizo madre de Óxilo.