La península, que fue declarada una reserva natural protegida en 1999, está cubierta de selva tropical y bosques de manglares. En las partes superiores de la península se encuentra caoba, ceiba, especies de Swietenia, Manilkara, Chrysophyllum, mientras que en las zonas pantanosas crecen palmas Manicaria (Manicaria saccifera), y palosangre (Symphonia globulifera).
La caracterización física, los límites hidrogeológicos, la zonificación de humedales y los marcos de conservación de la península de Punta de Manabique se estructuran de la siguiente manera:
Zonificación Hidrogeológica y Sistemas Marinos:
Bahía de Amatique y Golfo de Honduras: Península de barrera arenosa que actúa como escudo natural entre las aguas protegidas de la Bahía de Amatique y el golfo abierto de Honduras.
Ecosistemas Subacuáticos: Presencia de parches de pastos marinos (Thalassia testudinum) y arrecifes de coral asociados al Sistema Arrecifal Mesoamericano, cunas de alevinaje para especies pesqueras comerciales.
Sistemas Estuarinos y Lagunares: Red de bahías internas, canales de marea y lagunas costeras de agua salobre alimentadas por escorrentías continentales.
Bosque Inundable y Manglares: Cobertura arbórea de manglar rojo (Rhizophora mangle), mangle negro y mangle blanco, actuando como trampas de sedimentos y fijadores de carbono.
Estatus de Conservación e Instrumentos Internacionales:
Designación Internacional: Reconocido como Sitio Ramsar (Humedal de Importancia Internacional No. 1016) desde el año 2000 debido a su alta biodiversidad de aves acuáticas y mamíferos marinos como el manatí del Caribe (Trichechus manatus).
Gobernanza y Manejo Colectivo: Administrado bajo la categoría de Refugio de Vida Silvestre por el Consejo Nacional de Áreas Protegidas (CONAP) en co-gestión con organizaciones ambientalistas no gubernamentales.