Shirak fue fundado en Guiumrí en 1958, cuando Armenia aún formaba parte de la Unión Soviética. El club se llamaba originalmente Shirak Leninakan, siendo este último el nombre de Gyumri durante la época soviética. Desde su creación hasta la caída de la Unión Soviética, Shirak disputó todos sus partidos en la Primera Liga, la tercera división soviética.
Durante la década de los años 1970 jugó con el nombre Olympia. Tras la caída de la Unión Soviética y el cambio de nombre de Leninakan, Shirak pasó a llamarse Shirak Kumayri y fue incorporado a la Liga Premier de Armenia bajo la dirección del entrenador Andranik Adamyan.
En la primera temporada de la Liga Premier de Armenia de 1992, ambos equipos Shirak y Pyunik terminaron empatados en el primer lugar con 37 puntos cada uno. Tras no llegar a un acuerdo sobre un partido de desempate, se decidió otorgar el título a ambos equipos. Así, Shirak logró ganar la liga en la primera liga nacional en la historia de Armenia.
Volvió a cambiar de nombre a finales de 1992, después de que el Kumayri fuera sustituido por el Gyumri. Por lo tanto, en 1993 debutó como Shirak Gyumri en la Liga Premier de Armenia. Tras quedar segundo en la liga de 1993, el Shirak se clasificó para la final de la Copa de Armenia por primera vez, pero no logró alzarse con el título tras perder 3-1 contra el Ararat.
Ganó las temporadas de 1994 y 1995, sin embargo, no se le otorgó el título de 1995 debido a que fue una temporada de primavera de transición.
Las siguientes cuatro temporadas no fueron exitosas para el club, sin embargo, Shirak logró reclamar el título de liga nuevamente en 1999, con el delantero Arayik Adamyan anotando 16 goles. El título de liga terminaría siendo el último título que Shirak ganaría hasta la Copa de Armenia 2011-12.
El Shirak acabaría ganando la Liga Premier de Armenia 2012-13 y la final de la Copa de Armenia 2016-17.
Es uno de los equipos más viejos de Armenia y han producido jugadores que han jugado para Armenia como Artur Petrosyan y Harutyun Vardanyan e incluso han puesto jugadores en el extranjero.
El estadio local del Shirak siempre ha sido el Estadio de la ciudad de Guiumrí, construido en 1924 y actualmente el estadio de fútbol más antiguo del país. Tras las obras de renovación de 1999, el estadio se convirtió en un estadio con asientos para todos los espectadores, con capacidad para 2.844 personas. El terreno de juego y las instalaciones del estadio se modernizaron en 2012 para cumplir con todas las normativas de la UEFA. Esto permitió al Shirak disputar sus partidos de clasificación para la Liga de Campeones de la UEFA y la Liga Europa de la UEFA como local.
La capacidad del estadio se incrementó una vez más, esta vez hasta alcanzar la capacidad actual de 4500 espectadores tras una segunda ronda de renovaciones en 2019. Estas renovaciones incluyeron nuevos asientos en el extremo sur del estadio.
== Rivalidades
Se considera que el principal rival de Shirak es Gandzasar . Esta rivalidad creció ya que ambos equipos eran los únicos de la liga que no eran de Ereván, y por lo tanto competían por ser el mejor equipo de las provincias.
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