Doctorado en Botánica en la Universidad de Breslau (1894), continuó estudios en Ciencias Naturales en las Universidades de Heidelberg y Berlín. Fue profesor en la Universidad de Breslau. Fue comisionado por la Real Academia de Berlín para desarrollar investigaciones botánicas en el Perú (1901), entregando en 1905 un herbario de 5 200 especies recolectadas en este país. El gobierno peruano le contrató para que dirigiera el Parque Zoológico y Jardín Botánico en 1908. Trabajó como docente en la Escuela Nacional de Agricultura.
Además de publicar en 1911 su obra maestra "La flora de los Andes peruanos en sus rasgos fundamentales (Die Pflanzenwelt des peruanischen Anden in ihren Grundzügen Dargestellt"), que en 1945 fuera en lengua castellana, la edición ampliada: "El mundo vegetal de los Andes Peruanos", ha publicado numerosas obras, principalmente con la vegetación de la oferta andina.
Sus trabajos incluyen, entre otras cosas:
Anatomische und biologische Studien über die Vegetation der Hochanden Perus. 1905
Grundzüge von Klima und Pflanzenverteilung in den peruanische Aden. 1906
Weitere Mitteilulungen über Vegetation und Klima der Hochanden Perus. 1907
Die Pflanzenwelt der peruanischen Anden in ihren Grundzügen dargestellt. 1911
Pflanzengeographische Studien in südlichen Peru. 1912
La vegetación del norte del Perú dentro de la provincia litoral de Tumbes y partes vecinas del departamento de Piura. 1922
Untersuchungen über die Temperaturverhältnisse des Bodens im hochandinen Gebiet Perus und ihre Bedeutung für des Pflanzeleben. 1930
La influencia de cambios climáticos y geológicos sobre la flora de la costa peruana. 1939
Principios de clasificación aplicables a las formaciones vegetales del Perú. 1942
Honores
En 1948, recibió la Orden El Sol del Perú, un premio que es otorgado por el gobierno peruano por servicios especiales en el Perú.
27 de noviembre de 1947 (78años), se instituyó el “Día del Biólogo Peruano”, en ocasión del agasajo anual que discípulos y exalumnos ofrecían al profesor Dr. Augusto Weberbauer, insigne maestro, fundador de la Escuela Botánica Peruana, ejemplar biólogo y pilar académico de nuestra profesión en el Perú
