Ebe Merilo (kuni 1993 Ebe Pertmann; 1993–2001 Ebe Sild; sündinud 15. märtsil 1970) on eesti taimebioloog.
Ta lõpetas 1992. aastal Tartu Ülikooli (TÜ) bioloogia-geograafiateaduskonna.
Ta on TÜ taimeökoloogia kaasprofessor ning mudel- ja põllutaimede ökofüsioloogia uurimisrühma juht.
Tema uurimisvaldkonnad on taimefüsioloogia, ökofüsioloogia, molekulaarbioloogia ja põllumajandusalased uuringud.
2022. aastal pälvis ta koos Hannes Kollistiga Eesti vabariigi teaduspreemia põllumajandusteaduste alal teadustööde tsükli „Taimede kohanemine muutuvas kliimas“ eest.