Jevgeni Kunin (vene keeles Евгений Викторович Кунин Jevgeni Viktorovitš Kunin, inglise keeles Eugene Koonin; sündinud 26. oktoobril 1956 Moskvas) on vene päritolu USA bioloog.
Ta töötab USA Biotehnoloogia Rahvuslikus Infokeskuses uurimisrühma juhina. Tema peamised uurimisalad on võrdlev genoomika, arvutuslik bioloogia ja evolutsioonibioloogia. Ta on vene päritolu bioloogidest enim tsiteeritud teadlane.
Ta lõpetas 1978. aastal Moskva Riikliku Ülikooli bioloogiateaduskonna viroloogia erialal. Ta kaitses 1983. aastal MRÜ-s bioloogiateaduste kandidaadi kraadi (PhD molekulaarbioloogias).
Aastatel 1985–1991 juhtis ta arvutusliku bioloogia uurimisgruppe Tšumakovi-nimelise Poliomüeliidi ja Viirusliku Entsefaliidi Instituudis ja NSV Liidu Teaduste Akadeemia Vinogradski-nimelises Mikrobioloogia Instituudis. 1991. aastal siirdus ta USA-sse, kus ta töötab samast aastast USA Biotehnoloogia Rahvuslikus Infokeskuses evolutsioonilise genoomika uurimusrühma juhina.
Tema isa Viktor Kunin ja ema Irina Glagoleva on filoloogid ja elavad 1990. aastast Iisraelis.