Mait Metspalu (sündinud 24. augustil 1975) on eesti evolutsioonigeneetik.
2005. aastal kaitses ta Tartu Ülikoolis doktoritöö "Through the course of prehistory in India: tracing the mtDNA trail".
Alates 2005. aastast töötas Metspalu Eesti Biokeskuses, kus algul oli teadur, siis asedirektor ning 2014–2017 direktor.
Alates 1. juunist 2018 on ta Tartu Ülikooli genoomika instituudi direktor ja evolutsioonilise genoomika professor.
