Margus Pensa (sündinud 19. novembril 1973 Kohtla-Järvel) on eesti bioloog.
Margus Pensa ema on meditsiinilaborant ja isa kinomehaanik.
Lõpetas 1993 Luua Metsakooli, 1997 Tartu Ülikooli bioloogia osakonna, bioloogiamagister (1999, TÜ), väitekiri "Männiokaste püsivuse retrospektiivne analüüs Eesti ja Soome näiteil".
PhD (taimeökoloogia ja ökofüsioloogia, 2003, TÜ), väitekiri "Variation in needle retention of Scots pine relation to leaf morphology, nitrogen conservation and tree age" (Tartu 2003).
Oli 1997–1999 TA Ökoloogia Instituudi Kirde-Eesti osakonna assistent, 1999–2005 teadur, 2005– TLÜ Ökoloogia Instituudi Kirde-Eesti osakonna vanemteadur, ühtlasi oli 2003–2006 Soome Metsainstituudi teadur Rovaniemis.
Uurimisvaldkond: taimelehe kohanemine kasvukoha viljakuse ja klimaatiliste tingimuste muutumisega; metsaökosüsteemi areng inimtegevusest tugevasti mõjutatud aladel; häiringute mõju puittaimede kasvule. 2003–2005 osales rahvusvahelises projektis PINE (Predicting Impact on Northern Ecotones).
Üle 30 teaduspublikatsiooni.