
Margus Pooga (sündinud 7. augustil 1957 Viljandis) on eesti biokeemik. Tartu Ülikooli keemilise bioloogia professor.
Margus Pooga lõpetas 1975. aastal Tartu 5. Keskkooli ja 1980. aastal cum laude Tartu Riikliku Ülikooli keemiaosakonna orgaanilise keemia erialal. Doktorikraad biokeemias 1998. aastal (TÜ, väitekiri "Cell penetrating peptide transportan and its predecessors, galanin-based chimaeric peptides"). Doktoritöö juhendaja oli Ülo Langel.
Aastatel 1980–88 oli ta KBFI nooremteadur. 1988–2004 Eesti Biokeskuse teadur ja vanemteadur, ühtlasi 1992–1996 ja periooditi ka 1997–2002 Stockholmi Ülikooli neurokeemia ja neurotoksikoloogia instituudi külalisteadur. 2005–2008 Tartu Ülikoolis vanemteadur.
Alates septembrist 2008 arengubioloogia õppetooli juhataja Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis.
Margus Pooga teadustöö põhisuunad on rakubioloogia, valkude ja peptiidide keemia ja rakutransport. Töid biomolekulide struktuurist ja dünaamikast, valkude puhastamisest ja primaarstruktuuri määramisest, geeniregulatsioonist, immunoloogiast, rakkudes signaaliülekandest ja rakutranspordist. Suurem tähelepanu on rakku sisenevate peptiidide uurimisel.
Eesti Biokeemia Seltsi, The Biochemical Society, American Society For Cell Biology ja European Peptide Society liige.
Eesti Vabariigi teaduspreemia keemia ja molekulaarbioloogia valdkonnas 2009. aastal (kollektiivis koos Ülo Langeli (kollektiivi juht), Mats Hanseni, Ursel Soometsa ja Kalle Kilga).
Üle 70 teaduspublikatsiooni.