Mikrofloora on mikroorganismide kogum mingis paigas.
Näiteks jämesooles elavate mikroorganismide kogumit nimetatakse jämesoole mikroflooraks.
Mulla mikroflooraks nimetatakse mulla mikroorganismide (bakterite, seente|) kogumit suurusega alla 10 μm. Väikeste loomade (algloomade, nematoodide) kogumit suurusega 10–100 μm nimetatakse mikrofaunaks.