Jotunin vanhemmat olivat levyseppä, talonomistaja Petter Juho Haggrén ja Margareta Lovisa Miettinen. Hän pääsi ylioppilaaksi Kuopion lyseosta 1897 ja valmistui filosofian kandidaatiksi Helsingin yliopistosta 1902. Oltuaan ensin oppikoulun opettajana Jotuni toimi Sortavalan opettajaseminaarin maantieteen lehtorina 1905–1919 ja Helsingin suomalaisten kansakoulujen apulaistarkastajana vuodesta 1919 alkaen. Jotuni toimi Suomen rauhanvaltuuskunnan asiantuntijana Karjalan asioissa Pariisissa 1919.
Jotuni teki valtion sekä Helsingin kaupungin stipendiaattina tutkimusmatkoja Skandinaviaan, Keski-Europpaan sekä Balkanille ja Siperian aroille. Hän julkaisi matkoistaan kirjoja ja kirjoitelmia sekä piti lukuisia esitelmiä. Jotuni laati useita maantieteen oppikirjoja, joita julkaistiin useina painoksina. Jotuni tuki kouluretkeilyaatetta ja järjesti pääkaupunkiseudun opettajille useita opintoretkiä muun muassa vuonna 1928 Unkariin. Jotuni oli jäsenenä useissa kouluasioita pohtineissa komiteoissa ja kuului kasvatusopillisten lehtien toimituskuntiin.
Jotuni oli naimisissa vuodesta 1903 Alfhild Malmgrenin kanssa. Heidän poikansa oli filosofian maisteri ja suomentaja Sakari Jotuni. Kirjailija Maria Jotuni oli Alfred Jotunin sisar.
Teoksia
Maanosat. 1, Australia ja valtameren saaristo. WSOY 1908
Turkinmaa ja kansat: lyhyt katsaus valtiollisiin tapauksiin syyskesällä v. 1908. Emil Vainio, Helsinki 1908
Turkki ja sen pääkaupunki: ote tekijän ennemmin julkaisemasta kirjasta Turkin maa ja kansat. Emil Vainio, Helsinki 1911
Alkeismaantiede: oppikouluja ja seminaareja sekä itseopiskelua varten. WSOY 1911, 8. painos 1924
Kansakoulun maantieteellinen kotiseutuoppi: viittauksia opettajille kotiseutuopin opettamiseen. WSOY 1912
Venäjän maantiede kansakouluille. WSOY 1913, 7. painos 1916
Venäjän maantiede oppikouluille ja seminaareille. WSOY 1915
Kansakoulun maantiede. WSOY 1916, 24. painoksen tark. ja täyd. Eino Kärki WSOY 1939
Kansalaistieto: kouluja sekä yksin- ja kerho-opiskelua varten. Valistus, Helsinki 1925, 3. painos 1926
Kansakoulun maantieteellinen kotiseutuoppi: viittauksia opettajille kotiseutuopin opettamiseen. Uud. painos WSOY 1927
Kansakoulun maantiede: vuorokurssittain; Opetussuunnitelmakomitean ehdotuksen mukaan laatinut Alfred Jotuni. WSOY 1927, 3. tark. painos 1929, 11. painoksen tark. ja täyd. Eino Kärki WSOY 1939
Toimitustöitä
Toinen yleinen seminaariopettajakokous Helsingissä 13-15 p:nä huhtikuuta 1908 - Andra allmänna seminariiläraremötet i Helsingfors den 13-15 april 1908. Sortavala 1908
Yhteissuomalainen koulukokous 20 - 22 p:nä kesäkuuta 1921. Helsinki 1922
Suomen koulukartta; toimittanut Alfr. Jotuni. Koulutarpeiden keskusliike, Helsinki 1940