Apolipoproteiini E (APOE) on apolipoproteiini, jota on kylomikronissa ja IDL:ssä, ja se sitoutuu maksasolujen ja perifeeristen solujen tiettyyn reseptoriin. Se on hyvin tärkeä triglyseriinipitoisen lipoproteiinin ainesosien normaalille hajottamiselle.
ApoE4 on yhdistetty useisiin sairauksiin, kuten valtimonkovettumatautiin ja Alzheimerin tautiin. Se lisää Alzheimerin taudille ominaisten beta-amyloidiplakkien kertymistä aivoihin. Tutkimuksen mukaan ilmiö tapahtuu vain naisilla. Kun aivoissa on APOE4-proteiinia, beeta-amyloidia poistuu hitaammin kuin jos on muita ApoE-proteiineja.
Rochesterin yliopistossa Yhdysvalloissa tehdyssä tutkimuksessa on havaittu, että hiiren aivoissa oleva LPR1-molekyyli poistaa aivoista liian beeta-amyloidin. Kun hiiren aivoissa oli APOE4:ta, LPR1 ei toiminutkaan, vaan sen sijaan toimi paljon hitaampi yhdiste, VLDLR, jolloin amyloidia kertyi hiiren aivoihin moninkertaisesti nopeammin. APE4 takertuu beeta-amyloidiin, ja sen poistaminen ei käy yhtä helposti kuin vapaan beeta-amyloidin, ja yhdistelmä kertyy hermosolujen päälle.