Depsipeptidit ovat peptidiyhdisteitä, joiden rakenteessa vuorottelevat aminohappo- ja karboksyylihapporyhmät. Syklisissä depsipeptideissä happoryhmät muodostavat renkaan. Esimerkiksi valinomysiini ja kereulidi kuuluvat depsipeptideihin.