Ellen Johnson on yhdysvaltalainen ateistinen aktivisti. Hän toimi American Atheists -järjestön puheenjohtajana vuosina 1995–2008.
Johnson on toisen sukupolven ateisti. Hän valmistui maisteriksi valtio-opissa New School for Social Researchista.
Johnson ei luota Jeesuksen historiallisuuteen; hän ei katso, että siitä olisi olemassa todisteita.