Endotoksiinit ovat gramnegatiivisten bakteerien ulkokalvon sisältämiä myrkkyaineita, jotka vapautuvat bakteerin hajotessa. Termi erottelee nämä toksiinit eksotoksiineista, joita bakteerit erittävät ulkopuolelleen.
Endotoksiinista puhuttaessa tarkoitetaan usein lipopolysakkaridia (LPS), jonka lipidi A -osa aiheuttaa infektion aikana isäntäelimistössä toksisia reaktioita: kuumetta, valkosolujen ja verihiutaleiden niukkuutta sekä mahdollisesti šokin (endotoksiinišokki). Endotoksiineja ovat kuitenkin myös Bacillus thuringiensis -bakteerin delta-endotoksiinit, jotka ovat kiteisiä proteiineja.