Guanaja on saari Islas de la Bahían saariryhmässä Hondurasissa. Guanaja on noin 8 kilometriä leveä ja 18 kilometriä pitkä saari, joka sijaitsee noin 50 kilometriä pohjoiseen Hondurasin rannikosta. Saarella asuu noin 10 000 asukasta. Heistä pääosa asuu Bonaccan kaupungissa, joka sijaitsee Guanajan edustalla olevalla pienellä särkällä. Saaren muut asutuskeskukset ovat Mangrove Bight ja Savannah Bight.
