Halmaheranmeri (indonesiaksi Laut Halmahera, engl. Halmahera Sea) on Indonesian alueella sijaitsevaan Itä-Intian saaristoon kuuluva Tyynenmeren sivumeri. Halmaheranmeri sijaitsee päiväntasaajan seudulla Molukkien saariryhmän suurimman saaren Halmaheran itäpuolella ja Uuden-Guinean länsipuolella. Meren pinta-ala on noin 95 000 km2 ja Halmaheran altaan syvyys on 2 039 metriä.
Halmaheranmereä rajaa IHO:n merialuejaottelun mukaan etelässä Seraminmeri, lännessä Halmaheran saaren ohella Molukkienmeri ja idässä Tyynimeri.