Heterodoksia (muinaiskreikkaa; 'ἕτερος', toinen, muunlainen + 'δόξα', uskomus) on uskomus tai tapa, joka eroaa virallisesta tai ortodoksisesta kannasta.
Heterodoksiaa käytetään myös kirkollisena jargon-terminä, jolloin sanalle annetaan tarkempi kirkkokohtainen merkitys, kuten harhaoppi, joka ei kuitenkaan ole yhtä vakava, kuin heresia.
Ortodoksinen kirkko käyttää termiä pääasiassa kirkoista ja kirkkokunnista, jotka eivät ole ehtoollisyhteydessä ortodoksisen kirkon kanssa, ja edustavat apostolisesta traditiosta poikkeavia oppeja.
Šiiamuslimit käyttävät arabiankielistä sanaa ghulāt viitatakseen uskomuksiin, jotka poikkeavat huomattavasti šiialaisuudesta. Erityisesti sanalla viitataan muslimiryhmiin, jotka liittävät profeetta Muhammedin sukulaisiin tai varhaisiin kumppaneihin jumalallisia ominaisuuksia. Väite on, että tämä lähestyy liialti epäjumalanpalvontaa.
Sunni- ja šiiamuslimit näkevät toistensa opit keskenään heterodoksisina, eroten pääosin šaria-lain tulkinnassa.
Intialaisen filosofian koulukunnat, jotka hylkäsivät veda-kirjojen kiistattomuuden, nähtiin heterodokseina hindulaisuuden kanssa, jainilaisuus ja buddhalaisuus mukaan luettuina.
1990-luvun loppupuolella, Kiinassa toimeenpantiin laki heterodoksisten uskontojen kieltämiseksi.
Heterodoksisella taloustieteellä viitataan taloustieteen koulukuntiin, jotka nähdään tavanomaisen taloustieteen ulkoisina.