Jacob Wilhelm Lybeck (2. maaliskuuta 1859 Närpiö – 2. kesäkuuta 1930 Helsinki) oli suomalainen merenkulkuneuvos ja kommodori.
Lybeck kävi alkeiskoulun Turussa ja lähti sitten merille 1873. Hän suoritti perämiehentutkinnon 1881 sekä merikapteenin ja laivanpäällikön tutkinnot 1885, minkä jälkeen hän oli ensimmäisenä perämiehenä höyrylaiva Uleåborgissa. Lybeck meni 1886 luotsilaitoksen palvelukseen ja oli ensin höyrylaiva Taipaleluodon, sitten höyrylaivojen Valvojan ja Sekstantin päällikkönä. Viipurin luotsipiirin piiripäällikön virkaa Lybeck hoiti väliaikaisesti 1899–1900 ja vakinaisesti 1901–1912. Hän erosi 1912 silloin venäläistetyn luotsilaitoksen palveluksesta ja siirtyi monopoliyhtiön johtajaksi Loviisaan.
Suomen itsenäistyttyä Lybeck nimitettiin Merikarttalaitoksen päälliköksi 1918 ja merenkulkuneuvokseksi 1919, jolloin hänet myös ylennettiin everstiluutnantiksi. Merenkulkuhallituksen luotsi- ja majakkalaitoksen päällikkönä Lybeck oli 1919–1922, jolloin hän täysin palvelleena erosi tästä virasta kommodorina. Kommodoori Lybeck tuli vuonna 1923 silloin perustetun suojeluskunnan moottorivenelaivueen päälliköksi. Lybeck oli myös jäsenenä siinä komiteassa, jonka tehtävänä oli uudelleen järjestää Suomen merenkulkulaitos.