Jaffna on kaupunki Sri Lankan pohjoisosassa. Vuoden 2012 väestönlaskennassa sen väkiluku oli 80 829. Kaupunki on Sri Lankan tamilien tärkein kaupunki, josta heidän itsenäisyysliikkeensä kaavailee maansa pääkaupunkia. Niinpä Jaffna on ollut sisällissodan kynsissä 1980-luvulta alkaen, ja sen väkiluku on pienentynyt asukkaiden paetessa levottomuuksia. 1970-luvulle asti kaupungissa oli merkittävä singaleesivähemmistö. Sisällissodan jälkeen vuonna 2010 osa singaleesiperheistä ilmoitti suunnittelevansa paluumuuttoa. Sisällissota päättyi muodollisesti 2009.
Jaffna sijaitsee alavalla niemimaalla, jota täplittävät monet laguunit ja ympäröivät pienet saaret. Maaperä on hiekkaista, ja yleisin puulaji palmyrapalmu.
Lähiseudulta on tehty löytöjä megaliittisen ajan asutuksesta, mutta Jaffna ei ilmeisesti ollut ensimmäisiä paikkoja jotka asutettiin Sri Lankan saarella. Asutuksesta on jälkiä ainakin 3. vuosituhannelta eaa.
1600-luvulla portugalilaiset lähetyssaarnaajat tuhosivat hindutemppeleitä ja rakensivat tilalle kauniita kristillisiä kirkkoja. Portugalilaiset ja myöhemmin hollantilaiset rakensivat myös linnoituksia eri puolille kaupunkia. Britit saivat sen haltuunsa 1795.
