Jouni Tilli (s. 1979 Jyväskylä) on suomalainen valtiotieteilijä. Hän toimii Pyhäjärven kunnan hyvinvointijohtajana. Aiemmin Tilli työskenteli tutkijana Jyväskylän yliopistossa.
Tilli valmistui ylioppilaaksi Reisjärven lukiosta vuonna 1998 ja yhteiskuntatieteiden maisteriksi Jyväskylän yliopistosta vuonna 2007 pääaineenaan valtio-oppi. Hän väitteli yhteiskuntatieteiden tohtoriksi Jyväskylän yliopistossa vuonna 2012. Väitöskirja valittiin samana vuonna yliopiston parhaaksi.
Tilli on tutkinut muun muassa uskonnon ja politiikan suhdetta, sotiin liittyvää historiapolitiikkaa ja uskonnollista retoriikkaa. Hänen kirjansa Suomen pyhä sota: papit jatkosodan julistajina valittiin vuoden 2014 kristilliseksi kirjaksi.