Pakkasvirta väitteli tohtoriksi Helsingin yliopistossa poliittisen historian oppiaineessa vuonna 1997. Hän on johtanut Helsingin yliopistossa politiikan ja talouden tutkimuksen laitosta vuosina 2010–2015 ja kulttuurien osastoa vuosina 2018–2021.
Jussi Pakkasvirta ja Teivo Teivainen (toim.): Kenen Amerikka? 500 vuotta Latinalaisen Amerikan valloitusta. Helsinki: Gaudeamus, 1992.
Jussi Pakkasvirta: ¿Un continente, una nación? intelectuales latinoamericanos, comunidad política y las revistas culturales en Costa Rica y en el Perú (1919–1930) (väitöskirja). Helsinki: Suomalainen Tiedeakatemia, 1997.
Jussi Pakkasvirta ja Jukka Aronen (toim.): Kahvi, pahvi ja tango: Suomen ja Latinalaisen Amerikan suhteet. Helsinki: Gaudeamus, 1998.
Heikki Mikkeli ja Jussi Pakkasvirta: Tieteiden välissä? Johdatus monitieteisyyteen, tieteidenvälisyyteen ja poikkitieteisyyteen. Helsinki: WSOY Oppimateriaalit, 2007.
Jussi Pakkasvirta: Pulp & fiction: tarinoita globalisaatiosta ja sellutehtaasta. Helsinki: Gaudeamus, 2008.
Osmo Kuusi, Sirpa Kurppa ja Jussi Pakkasvirta (toim.): Löytöretkiä biopolitiikkaan: Suomen biopolitiikan haasteita ja näkökulmia globaaleissa puitteissa 2010−2050. Helsinki: Eduskunnan tulevaisuusvaliokunta, 2010.