Karakhanidit oli turkkilainen dynastia (999–1211), joka hallitsi Transoxianaa Keski-Aasiassa.
Karakhanidit kuuluivat karlukki-nomadien liittokuntaan, joka ilmestyi historiaan 800-luvulla. 900-luvulla karlukit kääntyivät islamiin. Samanidien vallan hajotessa karlukit karakhanidien ja Harun Bughra Khanin johtamina valtasivat Buharan (992) ja Samarkandin (999). Samanidien entinen valtapiiri jaettiin ghaznavidien haltuunsa ottamien Khorasanin ja Afaganistanin sekä karakhanidien valtaaman Transoxianan kesken siten, että rajana oli Oxusjoki eli nykyinen Amudarja.
Karakhanidihallitsijat tukivat arabialaisten ja persialaisten esikuvien mukaista turkinkielisen kirjallisuuden kehitystä ja edistivät turkkilais-islamilaista sivistystä.
Varhain 1000-luvulla sisällissodat hajottivat dynastiaa, ja vuonna 1041 Muḥammad al-Dawla (1041–52) otti haltuunsa läntisen osan, johon Buhara kuului. 1000-luvun lopulla karakhanidit joutuivat seldzukkien alaisuuteen ja vuonna 1140 turkkilaisen Karakitai-liittokunnan alaisuuteen. Uthman (1204–1211) palautti hetkeksi dynastian itsenäisyyden, mutta hänen kuoltuaan karakhanidien dynastia tuhoutui.