Kontaminaatio (engl. contamination, suom. saastuminen, myrkyttäminen, pilaantuminen) tarkoittaa ei-toivotun osatekijän läsnäoloa esimerkiksi materiaalissa, kappaleessa tai luonnonympäristössä. Yleensä kontaminaatiosta seuraa erilaisia haittavaikutuksia tai riskejä. Kontaminaatiota aiheuttavaa tekijää kutsutaan kontaminantiksi.
Kontaminaatio-termillä on asiayhteydestä riippuen mm. seuraavia merkityksiä: