Markku Jouko Ahlgren (28. lokakuuta 1944 Kuopio – 22. kesäkuuta 2024 Keuruu) oli suomalainen kemian professori.
Markku Ahlhgren syntyi Edvard Alarik Ahlgrenin ja Anna Rautiaisen perheeseen. Hän avioitui 1971 terveydenhoitaja Hilkka Anna-Liisa Koppisen kanssa. Ahlgren tuli ylioppilaaksi Kuopion yhteislyseosta 1966 ja valmistui Helsingin yliopistosta filosofian kandidaatiksi 1973 ja lisensiaatiksi 1976. Filosofian tohtoriksi hän väitteli siellä 1979.
Ahlgren oli Helsingin yliopistossa kemian assistentti 1973–1983. Joensuun yliopistossa hän oli kemian apulaisprofessori ja professori vuodesta 1983. Ahlgren julkaisi tutkimuksia muun muassa koordinaatio- ja analyyttisen kemian aloilta.