Johann Michael Haydn (14. syyskuuta 1737 Rohrau – 10. elokuuta 1806 Salzburg) oli itävaltalainen säveltäjä. Hän oli säveltäjä Joseph Haydnin veli.
Michael Haydn syntyi Rohraussa ja lauloi veljensä tavoin kirkkokuorossa Wienissä äänenmurrokseensa asti. Vuodesta 1762 lähtien hän työskenteli Salzburgin piispanhovissa, missä toimi viulistina, urkurina ja hovisäveltäjänä. Haydn oli sekä Leopoldlähde? että Wolfgang Amadeus Mozartin ystävä ja työtoveri. Haydnin tunnetuimpia sävellysoppilaita olivat mm. Carl Maria von Weber ja Anton Diabelli.
Michael Haydn keskittyi lähinnä kirkkomusiikin säveltämiseen, mutta hän sävelsi myös useita sinfonioita, konserttoja sekä kamarimusiikkia. Haydnin Requiem pro defuncto Archiepiscopo Sigismundo vaikutti suuresti Mozartin Requiemiin.
Hänen sinfoniaansa nro 25 (G-duuri MH 334) luultiin pitkään Mozartin 37. sinfoniaksi. Sekaannus aiheutui käsikirjoituksesta, jossa alku oli Mozartin käsialaa. Mozart oli säveltänyt sinfoniaan tuntemattomasta syystä uuden hitaan johdannon, mutta loput teoksesta ovat Michael Haydnin.
