Morfotaksi tutkii morfeemien keskinäistä järjestystä sanoissa (vrt. fonotaksi fonologiassa). Tätä varten morfeemit on ensin luokiteltava.
Esimerkiksi suomen kielessä substantiivien morfeemiluokkien järjestys on kanta + johtimet + luku + sija + possessiivisuffiksi + liitepartikkeli (talo-llis-i-lta-mme-ko).