Patogeneesi on kuvaus taudin syntymisestä ja kehittymisestä ja viittaa siihen, mitkä mekanismit (esimerkiksi virukset, hormonaaliset häiriöt) käynnistävät taudin kehittymisen. Patogeneesi on suora seuraus taudin etiologiasta. Sairauksia, joiden syyt ovat epäselviä, kutsutaan idiopaattisiksi. Sana patogeneesi tulee kreikan sanasta πάθος, "kärsimys" ja γένεσις, "alkuperä", "luominen".
