Pertti Paavali Mustajoki (s. 25. huhtikuuta 1943 Tampere) on painonhallintaan erikoistunut sisätautien erikoislääkäri, tutkija ja tietokirjailija. Helsingin yliopisto myönsi Mustajoelle sisätautiopin dosentin arvonimen vuonna 1985 ja hän sai Suomen valtiolta professorin arvonimen vuonna 2002.
Mustajoki valmistui lääkäriksi Helsingin yliopistosta vuonna 1968 ja väitteli lääketieteen ja kirurgian tohtoriksi vuonna 1976. Hän valmistui sisätautien erikoislääkäriksi vuonna 1979 ja suoritti endokrinologian suppean spesialiteetin vuonna 1982. Vuodesta 1976 alkaen Mustajoki toimi Helsingin yliopistollisen keskussairaalan sisätautien klinikassa eri tehtävissä apulaislääkäristä osastonylilääkäriin ja apulaisprofessorin sijaisuuksiin. Mustajoki siirtyi vuonna 1994 vantaalaisen Peijaksen sairaalan sisätautiylilääkäriksi, jossa hän veti uraauurtavaa ja potilasturvallisuutta parantavaa Viisas oppii virheistä -projektia.
Mustajoki toimi myös Lääkäriseura Duodecimin pääsihteerinä vuosina 1984–86 .
Mustajoki on kirjoittanut lukuisia painonhallintaa käsitteleviä kirjoja ja yleistajuisia sanoma- ja aikakauslehtiartikkeleita sekä vastannut lehdissä lukijakysymyksiin.Lisäksi Mustajoki on luennoinut painonhallinnasta ja antanut yksilöllistä ja ryhmäohjausta tuhansille ylipainosta kärsiville. Mustajoki on tutkinut lihavuuden hoitoa 1980-luvulta lähtien ja ollut mukana lukuisten tieteellisesti vertaisarvioitujen tutkimusartikkeleiden kirjoittamisessa. Mustajoki on kirjoittanut lisäksi runsaasti asiantuntija-artikkeleita suomalaiseen Duodecim-lehteen.
Mustajoki esitti 1990-luvulla, että rasva on suomalaisten keskeinen lihavuuden aiheuttaja, koska rasvaisen ruoan nauttiminen johtaisi automaattisesti lihomiseen. Väite perustui vuonna 1987 julkaistuun tutkimukseen, jonka mukaan rasvaista ruokaa syödään sama määrä kuin vähärasvaista sekä tutkimustuloksiin, joiden mukaan rasvaista ateriaa seuraavassa ruokailussa syödään enemmän kuin silloin, kun edellinen ateria oli vähärasvainen.
Mustajoki on esittänyt myös, että lihavuusepidemian syynä ovat yhteiskunnan ja elinympäristön muuttuminen lihottavaksi. Väestön lihominen johtuu hänen mukaansa vähentyneestä liikunnasta ja liian energiatiheän ruuan nauttimisesta. Lihottavia ruokia ovat etenkin makeiset, jäätelö, pikaruoka, sipsit ja virvoitusjuomat.
Suomen tietokirjailijat ry palkitsi Pertti Mustajoen Tietokirjailijapalkinnolla 2008. Opetushallitus myönsi Mustajoelle tiedonjulkistamisen elämäntyöpalkinto vuonna 2019 "erittäin merkittävästä ja pitkäaikaisesta tiedonjulkistamisesta terveystiedon ja terveellisten elämäntapavalintojen alalla".
Pertti Mustajoen veli on professori Arto Mustajoki.