Pesonen toimi Tampereen yliopiston valtio-opin professorina 1966–1971 ja Helsingin yliopiston yleisen valtio-opin professorina 1972–1979. Tämän jälkeen hän oli tamperelaisen Aamulehden vastaavana päätoimittajana vuoteen 1990 saakka.
Pesonen julkaisi useita äänestyskäyttäytymistä ja vaaleja koskevia tutkimuksia. Hän toimi myös Yleisradion vaaliohjelmien asiantuntijana.
Teoksia
Risto Ryti: muistokirja Suomen tasavallan viidennestä presidentistä, toimittanut Pertti Pesonen. Otava 1956
Valitsijamiesvaalien ylioppilasäänestäjät: Helsingin yliopiston, Teknillisen korkeakoulun ja Kauppakorkeakoulun äänioikeutettujen ylioppilaiden poliittiset kannanotot joulukuussa 1955 ja äänestyskäyttäytyminen 16–17.1.1956: paneelihaastattelututkimus, väitöskirja. Tammi 1958
Valtuutus kansalta: tutkimus Tampereen vaalioikeutetuista, vaalikampanjasta ja äänestyskäyttäytymisestä. WSOY 1965
Oman ajan historia ja politiikan tutkimus: Omistetaan professori L. A. Puntilalle hänen 60-vuotispäivänään 24.8.1967, toimituskunta: Lauri Hyvämäki, Pertti Pesonen, Seikko Eskola ja Erkki Salonen. Otava 1967
The timing of the vote decision. University of Tampere. Institute of political science 1967
Protestivaalit, nuorisovaalit: tutkielmia kansanedustajien vaaleista 1966, 1970 ja 1972, toimittanut Pertti Pesonen. Ylioppilastuki 1972
Kansalaiset ja kansanvalta: suomalaisten käsityksiä poliittisesta toiminnasta, kirj. Pertti Pesonen ja Risto Sänkiaho. WSOY 1979
Vuosikymmenen siruja: pieniä tutkielmia isoista aiheista. Kirjayhtymä 1990
Presidentti Koivisto Suomen politiikassa, kirjoittajat Martti Häikiö ja Pertti Pesonen. Otava 1992
Vaalikansan äänivalta: tutkimus eduskuntavaaleista ja valitsijakunnasta Suomen poliittisessa järjestelmässä, kirjoittajat Pertti Pesonen, Risto Sänkiaho, Sami Borg. WSOY 1993
Suomen EU-kansanäänestys 1994: raportti äänestäjien kannanotoista, toimittanut Pertti Pesonen. Ulkoasiainministeriö 1994
Finland, Sweden and the European Union, kirj. Pertti Pesonen ja Unto Vesa. Tampere Peace Research Institute 1998
Suomen europarlamenttivaalit, toimittanut Pertti Pesonen. Tampere University Press 2000