Polyketidi tai asetogeniini on sekundäärimetaboliitti, joita bakteerit, sienet, kasvit ja eläimet tuottavat biosynteesin avulla.
Polyketideissä yhteinen perusrakenne on muodostunut asetyylikoentsyymi-A:sta ja malonyylikoentsyymi-A:sta polykondensoitumalla ja tyypillistä siinä ovat metyleeniryhmällä toisistaan erotetut karbonyyliryhmät. Kondensaatioreaktioita seuraa usein alkylointireaktioita tai eliminaatioreaktioissa, joissa muodostuu tyydyttymättömiä ja aromaattisia rakenteita.
Ne jaotellaan kolmeen ryhmään: tyypin I polyketidit (yleensä makrolidejä), tyypin II polyketidit (yleensä aromaattisia molekyylejä) ja tyypin III polyketidit (yleensä sienten tuottamia pieniä aromaattisia molekyylejä). Polykedidejä muodostuu lähes kaikissa eliöissä. Ne ovat rakenteellisesti hyvin monimutkaisia biologisesti aktiivisia yhdisteitä. Monet antibioottilääkkeet ovat rakenteeltaan polyketidejä.
