Pyynikin seurakunta oli Tampereella toiminut evankelis-luterilainen seurakunta. Seurakunta kuului Tampereen seurakuntayhtymään.
Pyynikin seurakunnan alueeseen kuuluivat Pyynikin, Pyynikinrinteen, Amurin, Särkänniemen ja Kaakinmaan kaupunginosat Hämeenpuiston länsipuolella. Pyynikin seurakuntaan kuului vuoden 2013 alussa 7 613 jäsentä .
Pyynikin seurakunnan vt. kirkkoherrana toimi seurakunnan loppuvuosina Ari Rantavaara.
Pyynikin seurakunta on perustettu vuoden 1953 seurakuntajaossa, jolloin Tuomiokirkkoseurakunnasta erotettiin Härmälän, Kalevan, Pyynikin ja Viinikan seurakunnat. Seurakunta lakkautettiin 7. tammikuuta 2014 ja samalla perustettiin uusi Tampereen tuomiokirkkoseurakunta, joka koostuu aiemmista Kalevan ja Pyynikin seurakunnista ja Tampereen tuomiokirkkoseurakunnasta.