En , dans le cadre du Plan Calcul, est créée la délégation générale à l'informatique pour stimuler la production de logiciels et de matériels informatiques en France. Il y est nommé adjoint aux questions administratives.
Il travaille ensuite aux Douanes, quand CII et ICL annoncent le partager un même appel d'offres du "plus important projet français d'automatisation": 60 millions de francs pour informatiser les douanes française, via le système Sofia. ICL avait déjà réalisé un projet similaire de gestion du fret aérien à Londres, jusque-là sans équivalent, car divisant par deux le temps de dédouanement et livraison. Le néerlandais Philips y est aussi invité, ainsi que deux sociétés de logiciel, SEMA et SESA.
De 1986 à sa dissolution en 1995, il est secrétaire général du Comité interministériel informatique et bureautique dans l'administration (CIIBA).
En 1996, il intègre la mission de contrôle économique et financier Sécurité sociale, action sociale, santé.
Enfin, en 1998, à la demande du premier ministre, Lionel Jospin, il remet le "rapport Baquiast" sur les apports d'Internet à la modernisation du fonctionnement de l'État.
Il a publié de nombreux ouvrages de réflexion et de prospective scientifiques.
Thèses
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Jean-Paul Baquiast propose une vision matérialiste de l'évolution "anthropomorphique": les techniques transforment l'homme tout autant, et sans doute plus encore, qu'il ne les transforme. L'homme et la technique co-évoluent, selon la logique purement darwinienne du hasard et de la sélection. Ce que Jean-Paul Baquiast appelle, selon le titre de l'un de ses ouvrages, le "paradoxe du sapiens". Un sapiens que l'évolution anthropomorphique pourra, dans les décennies proches, transformer en "post-humain". Un être augmenté en phase avec les robots dotés de conscience engendrés par les recherches en matière d'intelligence et de conscience artificielles. La pensée de Jean-Paul Baquiast se partage entre une vision optimiste et transhumaniste de l'avenir, pris en charge par des sociétés démocratiques et citoyennes, et une vision pessimiste, dans laquelle les forces religieuses, irrationnelles, capitalistes et impérialistes auront pris le contrôle du développement des sciences.
Bibliographie
: document utilisé comme source pour la rédaction de cet article.
La France dans la bataille des technologies de l'intelligence: - , Paris, la Documentation française, 1985
Les administrations et les autoroutes de l'information: vers la cyberadministration: stratégies et pratiques, préface d’Alain Bensoussan, Organisation, 1996
Internet et les administrations: la grande mutation, Paris, Berger-Levrault, 1999
