En 1988, il présente une thèse de doctorat en sociologie à l'université Pierre-Mendès-France - Grenoble II sur le thème Le mythe du peuple et la société française du XIXe siècle. Il devient ensuite professeur et directeur du Département de sociologie de cette même université. Il est un spécialiste l'étude des imaginaires politiques et de la sociologie de l'art. À ce titre, il a dirigé de nombreuses thèses,.
Alain Pessin a travaillé particulièrement sur la notion de peuple, la littérature anarchiste, l'imaginaire, les arts, le jazz, le concept d'interactionnisme symbolique. Il a publié un grand nombre d'ouvrages (voir ci-dessous, une liste non exhaustive).
Dans La Rêverie anarchiste (ACL, 1999), il écrit à propos de la violence anarchiste: «La considération de la violence comme une fatalité, et par conséquent comme une pratique réprouvée qu’on ne peut mettre en œuvre qu’avec une extrême vigilance et sous une forme restreinte, est à peu près générale dans le mouvement anarchiste. Ce constat ne manque pas d’être paradoxal en regard de l’image classique du milieu anarchiste comme lieu privilégié de la brutalité».
Le populisme / Le populisme russe - populisme, mythe et anarchie, Lyon, Atelier de création libertaire, 1997, 52 p.
Littérature et anarchie, avec Patrice Terrone (ss la dir.), Presses universitaires du Mirail, Toulouse, 1998.
La rêverie anarchiste, 1re éd. 1982, 2e éd. 1999, Lyon, Atelier de création libertaire.
Les incendiaires de l’imaginaire - actes du colloque international Grenoble 1998, avec Mimmo Pucciarelli (ss. la dir.), Lyon, Atelier de création libertaire, 2000, 337 p.
L’imaginaire utopique aujourd’hui, Paris, Presses universitaires de France, 2001.
Catherine Dutheil-Pessin, Yvonne Neyrat, Hommages à Alain Pessin: un sociologue en liberté, L'Harmattan, La Librairie des Humanités, 2007, 262 pages, (ISBN978-2-296-04202-5), notice éditeur, aperçu en ligne.
S. Hugon, Tumultes, Sociétés, no84, 2004/2, De Boeck Supérieur, page 5.
Ewa Bogalska-Martin, Hommages à Alain Pessin «Un sociologue en liberté», Sociologie de l'Art, 2010/1, L'Harmattan, fiche de lecture.
Renaud Garcia, Nature humaine et anarchie: la pensée de Pierre Kropotkine, Thèse de doctorat en philosophie de l'École Normale Supérieure de Lyon, 2012, page 43.