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Le mot autonyme, construit sur le préfixe auto- (« soi-même ») et le suffixe -onyme (« nom »), est un adjectif ou un substantif signifie originellement « [un nom] qui se désigne soi-même ». En botanique le préfixe auto- est l'apocope d'« automatique » : un autonyme est alors un nom créé automatiquement.