
Le baguage est une technique utilisée en ornithologie (ou parfois dans d'autres domaines de l'écologie, avec d'autres espèces animales) permettant de :
Ces systèmes sont internationaux, car les régions parcourues par les oiseaux peuvent être très éloignées, spécialement lors de leur migration.

La première campagne de baguage a été réalisée par Hans Christian Cornelius Mortensen en 1899. Il bague alors un peu plus d'une centaine d'étourneaux sansonnet.
En 1903, le baguage est utilisée pour l'étude de la migration des oiseaux, par l'ornithologue prussien Johannes Thienemann qui a installé la première station d’observation ornithologique au monde à Rossitten.
La méthode s'est ensuite diffusée aux États-Unis et à l'Allemagne. Le baguage est utilisé pour la première fois en Grande Bretagne en 1909 et en France en 1923.
Historiquement, le baguage a été utilisé pour l'étude des chiroptères, à partir de 1936 en France. En 1970, la Seconde conférence sur la recherche chiroptérologique recommande de ne pas utiliser cette méthode dont l'usage cesse officiellement en 1976 en France.
À partir de 1972, des colliers sont utilisés pour le marquage des oies et des canards, puis des marquages alaires pour les gros oiseaux à partir du milieu des années 1980.
L'accroissement du nombre d'oiseaux bagués a entrainé une augmentation de la quantité de données rendant nécessaire le recours à l'informatique pour faciliter leur traitement et consultation. Toutes les nouvelles données collectées en France sont systématiquement numérisées, depuis 2000.
Les oiseaux ne connaissant pas de frontière, pour un suivi efficace, des programmes internationaux ont été mis en place, comme c'est le cas en Europe avec European Union for Bird Ringing (Euring), qui centralise les données de tous les pays de l'Union européenne ainsi que plusieurs pays frontaliers comme l'Islande, la Turquie ou encore l'Ukraine.
Dans un premier temps, le spécimen doit être capturer soit à l'aide d'un filet, soit au nid (uniquement pour les oiseaux). Une bague métallique ou plastique est ensuite posée à l'aide d'une pince. Puis des données biométriques (masse, longueurs de l'aile et du bec, adiposité, etc.) peuvent être recueillies, elle doivent permettre de renseigner sur l'espèce, l'âge et l'état de santé des individus. Enfin les animaux sont relâchés.
Chaque bague posée sur un oiseau est unique grâce à un code alphanumérique ou des combinaisons de couleurs. Ces identifiants sont couplés avec un fichier contenant diverses informations sur cet oiseau (nom de l'espèce, sexe ou encore âge) ainsi que la date et le lieu du baguage. Si les premiers marquages utilisaient de simples bagues métalliques, il existe également des colliers et des marques nasales, pour les Anatidae, ou des marques alaires pour les grands échassiers, oiseaux marins et rapaces.
La reprise se fait soit comme la capture par filet ou pour les espèces chassables lorsque les individus sont tués à la chasse. Popinet estimait en 1997, que le taux de recapture avoisinait les 0.3 à 1% pour les passereaux, de 7 à 16% pour les hérons, foulques, bécasses ou chouettes et de 23 à 32% dans le cas des oies et canards. La Ligue royale belge pour la protection des oiseaux donne un taux de reprise de 0.1 % pour les petits oiseaux insectivores, migrateurs, comme les hirondelles ou les fauvettes et 10-15% pour les mouettes ou les sternes par exemple, qui vivent en colonie.

Les données collectées durant le baguage d'un nouveau spécimen, ainsi que lors de la recapture d'un individus déjà bagué, permettent de déduire des informations sur les individus ainsi que sur les populations des spécimens capturés (grâce à des études de type Capture-marquage-recapture).
Le baguage pour des coûts plus réduits que ceux du radiotracking ou du suivi satellitaire, apporte des données précieuses, sur les oiseaux vivants, mais aussi sur les causes de leur mort.
Généralement, cette technique se pratique avec des bagues fermées qui ne peuvent se poser que sur de jeunes oiseaux à des âges précis, variables selon les espèces.
L'objet principal de ce baguage est l'identification des oiseaux, en particulier pour en certifier qu'un oiseau provient bien d'un élevage et pas du trafic dans le cas d'oiseaux menacés. Il permet également de retrouver le propriétaire légitime d'un oiseau en cas de perte.