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Church était l'aide principal du gouverneur Josiah Winslow de la colonie de Plymouth. Il tenait le rang de capitaine durant la guerre du Roi Philip (1675–1676) sur la frontière de la Nouvelle-Angleterre contre les Wampanoags, les Nipmucks et les Podunks.
Comme capitaine, il faisait des incursions contre les Amérindiens.
Au cours de la bataille de Great Swamp, Church fut blessé lors d'un entraînement. La guerre prit fin lorsqu'un soldat de Church tua le chef des Amérindiens, Metacomet. Sur inspection du corps de Metacomet, Church traita la dépouille de l'Amérindien de «sale bête».
Première guerre intercoloniale
Durant les 28 années qui suivirent, Church prit part à cinq incursions contre les Acadiens dans le Maine et au Canada contre les Canadiens et les Amérindiens. En 1691, lors de la première guerre intercoloniale, il fut l'auteur d'une incursion sanglante contre Beaubassin, le siège du fort Nashwaak, qui était la capitale de l'Acadie, et d'une deuxième incursion contre Beaubassin en 1696, comme major. Malgré son lourd poids de 250 livres, il commanda ses troupes dans le massacre des habitants de Beaubassin en pillant et brûlant les maisons et tuant les animaux.
Après son assaut sur Grand-Pré, Church écrivit dans son journal: «Nous avons aussi déclaré, que nous avons déjà commencé à tuer et scalper certains hommes du Canada, ce que nous n'avions pas été habitués ou autorisés à faire, et nous sommes maintenant équipés d'un grand nombre d'Anglais et d'Indiens, tous bénévoles et, au courant des cruautés que vous avez envers nous, résolus à vous soumettre en vous traitant de la même manière.»
Philip Gould. (1996). Reinventing Benjamin Church: Virtue, Citizenship and the History of King Philip's War in Early National America. Journal of the Early Republic, Vol. 16, No. 4 (Winter, 1996), p.645–657
Nathaniel Philbrick, Mayflower: A Story of Courage, Community, and War. New York: Viking Penguin, 2006. (ISBN0-670-03760-5)
Faragher, John Mack, A Great and Noble Scheme New York; W. W. Norton & Company, 2005. (ISBN0-393-05135-8)
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