Cellule vient du latin cellula (« petite chambre »), dérivé de cella (« local fermé »), terme lui-même issu de celare (« cacher »). Le mot désigne en général un élément constitutif et relativement clos d'un ensemble ou d'un corps.
Une cellule-école, en Bulgarie ottomane, était une petite école attachée à un monastère - d'où son nom.