D’abord assistant de son maître Guilmant à l’église de la Sainte-Trinité, il lui succède en dans des conditions scandaleuses. En effet, alors que Guilmant effectuait une tournée aux Etats-Unis, le curé avait fait procéder à des travaux sur l'orgue Cavaillé-Coll par Merklin. A son retour, constatant que l'instrument avait subi de nombreuses et désastreuses modifications altérant ses qualités musicales, Guilmant refuse de signer le procès-verbal de réception des travaux effectués. Il est contraint de démissionner de son poste de titulaire. Pour obtenir la succession de Guilmant, Charles Quef accepte de signer le procès-verbal. Cet acte de défiance lui coûte durant toute sa vie le mépris du public et paralyse de fait sa carrière[réf.nécessaire]. Nonobstant, il occupe ce poste jusqu’à sa mort en .
Œuvres
Suite Flamande pour orchestre.
Dans le Bois pour orchestre.
Fantaisie pour piano et orchestre.
Prélude Funèbre pour piano et orchestre.
Sonate pour violon et piano.
Trio avec piano.
Suite pour instruments à vent (quintette) et piano Op. 4 (1902).
Chant de Pâques pour voix et piano (1902).
3 Duos pour piano et harmonium.
Fantaisie sur des thèmes bretons pour orgue et orchestre Op. 33 (1908).
Musique pour orgue
Deux Pièces pour orgue Op. 10 (1902): Méditation (la bémol majeur) - 2. Intermezzo en forme de canon (si mineur).
Cinq Pièces pour Grand Orgue Op. 11 (1898): 1. Fugue en fa mineur – 2. Trio en sol mineur – 3. Pièce Symphonique en si bémol majeur – 4. Andante en sol majeur – 5. Scherzo en ut mineur.
Quatre Pièces pour orgue Op. 19: 1. Lied (do mineur) – 2. Pièce en canon (mi majeur) – 3. Communion sur un vieux noël français (la mineur) – 4. Andante (la bémol majeur).
Trois Pièces pour orgue Op. 23 (1902): 1.? – 2. Pastorale (la mineur) – 3. Élégie (la mineur).
Deux Pièces pour Orgue Op. 24: 1. Andante capriccioso (si mineur) – 2. Grand Chœur «alla Haendel» (sol majeur).
Deux Pièces pour orgue Op. 27 (1902): 1.? – 2. Prélude en Mi bémol majeur.
Cinq Pièces pour Grand Orgue Op. 28 (1908); 1. Nocturne (si bémol majeur) – 2. Lamento (si bémol mineur) – 3. Canzona (ré mineur) – 4.? – 5. Festival-Postlude (fa majeur).
Pièces pour Grand Orgue Op. 29 (1908): Première Rhapsodie sur des thèmes bretons (si bémol majeur) - Deuxième Rhapsodie sur des thèmes bretons (la mineur).
Cinq Pièces pour Orgue Op. 32 (1912): 1. Églogue (fa majeur) – 2. Andante amabile (mi majeur) – 3. 2e Pastorale (fa majeur) – 4. Berceuse (mi bémol majeur) – 5. Voluntary (do mineur).
Fantaisie sur des thèmes bretons pour orgue et orchestre Op. 33 (1908), arrangée pour orgue seul par l’auteur.