La Mission russe de Jérusalem à côté de la vieille ville de Jérusalem comprend sur une surface de 6,8 hectares, la cathédrale orthodoxe de la Sainte-Trinité, les bâtiments de la Mission et plusieurs édifices construits à l'origine pour accueillir les pèlerins russes-orthodoxes de Terre sainte.
C'est en 1847 qu'est envoyée une première mission ecclésiale organisée par l'archimandrite Porphyre (Ouspensky), mais elle n'est pas reconnue officiellement par le gouvernement de la Sublime Porte qui administre la Palestine. Elle retourne en Russie au moment de la Guerre de Crimée.
Elle est finalement reconnue par l'Empire ottoman en 1857 et arrive en Terre sainte le . Elle fait construire la Mission russe de Jérusalem en 1860 par la Société impériale orthodoxe de Palestine. Ses activités se développent rapidement grâce aux acquisitions entreprises par l'archimandrite Antonin (Kapoustine) (1817-1894).
Elle avait sous sa juridiction 70 édifices religieux et hospitaliers. Les églises russes sont fermées par les autorités ottomanes (alliées de l'Empire allemand) au début de la Première Guerre mondiale, le personnel de la Mission expulsé et les bâtiments occupés par les soldats turcs.
Pendant le Mandat britannique, les bâtiments rendus sont loués et une zone de sécurité est créée par les Britanniques à cet endroit, pour abriter leur administration. La Mission Sainte-Marie est transformée en prison. La Mission russe est prise par la Haganah le . L'URSS, ayant reconnu l'indépendance de l'État d'Israël, celui-ci lui donne la propriété des bâtiments russes.
Tous ces bâtiments, à l'exclusion de la cathédrale et d'une maison de la Mission, sont vendus le par les autorités soviétiques au gouvernement d'Israël pour 3,5 millions de dollars (le prix d'une vente d'oranges, selon les critiques). Cette opération est menée par Golda Meir d'un côté et l'ambassadeur Mikhaïl Bodrov de l'autre. Sont compris dans la vente la Mission Saint-Benjamin, la Mission russe de Nazareth et des terrains à Haïfa, Afoula, Ein Kerem et Kafr-Kanna.
La légalité de cette opération est toujours contestée et des démarches sont régulièrement effectuées pour le retour de ces bâtiments à la Russie.
Aujourd'hui (en 2010) les activités missionnaires et d'accueil de l'orthodoxie russe en Terre Sainte sont le fait de deux organisations qui ont retrouvé l'unité canonique en 2007:
