Historiquement, la compétition débutait par une phase de groupes visant à réduire le nombre d'équipes à 16. Les équipes qualifiées accédaient ensuite à une phase à élimination directe. Lors de la saison inaugurale (2002-2003), cette phase reposait entièrement sur des confrontations en matchs aller-retour. La saison suivante (2003-2004), la finale est devenue un match unique, tandis que les autres tours à élimination directe conservaient le format aller-retour.
Lors de la saison 2007-2008, la phase initiale — désormais appelée « saison régulière » — servait uniquement à ramener le nombre d'équipes à 32. Les équipes qualifiées s'affrontaient lors de duels aller-retour, les vainqueurs accédant à une nouvelle série de confrontations aller-retour. Les survivants intégraient ensuite le tout premier « Final Eight » de l'histoire de la compétition, disputé sous forme de matchs à élimination directe uniques.
La saison 2008-2009 a marqué l'introduction de tours préliminaires. Cette année-là, deux tours préliminaires ont été organisés : le premier impliquait 16 équipes, et le second réunissait les huit vainqueurs ainsi que huit équipes directement qualifiées pour ce stade. Les vainqueurs du deuxième tour préliminaire rejoignaient les 24 équipes qualifiées d'office pour la saison régulière. Cette saison a également vu l'apparition d'une phase de groupes pour les huitièmes de finale (le « Last 16 ») et a constitué la dernière édition du « Final Eight ». À partir de la saison 2009-2010, la phase finale de l'EuroCup (le « Final Four ») est passée de huit à quatre équipes. Cette étape était directement comparable au Final Four de l'EuroLeague : elle comprenait des demi-finales disputées sur un match sec, suivies d'une finale également jouée sur une seule rencontre. Toutefois, contrairement au Final Four de l'EuroLeague où le match pour la troisième place et la finale ont lieu deux jours après les demi-finales, les rencontres correspondantes de l'EuroCup se jouaient dès le lendemain des demi-finales.
Lors de la saison 2012-2013, la finale s'est jouée sur un match unique, faisant suite à des demi-finales et des quarts de finale disputés en matchs aller-retour. Pour la saison 2013-2014, le nombre d'équipes participant à la saison régulière est passé de 32 à 48. Une autre nouveauté introduite cette saison-là a consisté à répartir les clubs en deux conférences régionales — la Conférence Est et la Conférence Ouest — pour la phase de saison régulière[4]. La taille des groupes a été portée à six équipes, les trois premières de chaque groupe se qualifiant pour le « Last 32 » (le tour des 32 meilleures équipes). Par ailleurs, les huit clubs d'EuroLeague n'ayant pas atteint le Top 16 de leur compétition ont rejoint les 24 équipes restantes de l'EuroCup, et la phase finale s'est jouée sous forme de confrontations aller-retour.
Pour la saison 2014-2015, la compétition a rassemblé 36 équipes lors de la phase de groupes, réparties en six groupes de six équipes chacun. Ces 36 équipes comprenaient les sept formations éliminées lors des tours de qualification de l'EuroLeague 2014-2015, ainsi que 29 équipes qualifiées directement pour l'EuroCup 2014-2015, soit grâce à leurs résultats de la saison 2013-2014, soit via des invitations (« wild cards »). Les quatre meilleures équipes de chaque groupe de la saison régulière, ainsi que les huit clubs d'EuroLeague non qualifiés pour le Top 16 de leur compétition, se sont qualifiés pour le « Last 32 ». Pour la saison 2015-2016, la compétition réunissait 36 clubs qualifiés d'office pour la saison régulière, auxquels s'ajoutaient les huit clubs d'EuroLeague n'ayant pas atteint le Top 16 de cette dernière, qualifiés pour rejoindre l'étape du « Last 32 ».
Pour la saison 2016-2017, la première phase de l'EuroCup était la saison régulière, à laquelle prenaient part 20 équipes qualifiées d'office. Chaque équipe disputait deux rencontres (match aller et retour) contre chacune des autres équipes de son groupe. À l'issue de la saison régulière, le nombre d'équipes passait de 20 à 16. La phase suivante, le Top 16, voyait s'affronter les 16 équipes qualifiées, réparties en groupes de quatre. Comme lors de la saison régulière, les groupes du Top 16 se jouaient selon une formule de championnat en matches aller-retour. Les deux premières équipes de chaque groupe accédaient à la troisième phase : les play-offs. Chaque série de play-offs se disputait au meilleur des trois manches, les vainqueurs progressant jusqu'à la finale. L'avantage du terrain revenait à l'équipe la mieux classée lors du Top 16. La finale opposait les deux derniers vainqueurs de série dans une confrontation au meilleur des trois manches, l'avantage du terrain étant là aussi attribué à l'équipe la mieux classée lors du Top 16.
.svg){kind=small}
JL Bourg (1)
Valence Basket (4)
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
