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Une cupule, cavité en forme de petite coupe, peut désigner :
- en botanique, la cupule est une sorte de coupe qui entoure la fleur ou le fruit de certains végétaux (exemple : les glands des chênes).
- en anatomie, la cupule est la partie supérieure du corps cellulaire de la cellule de Deiters, une des cellules de soutien de la cochlée.
- en embryologie, une cupule optique est une invagination qui aboutit à terme à la formation d'un œil.
- en archéologie, une cupule est un creux circulaire fait par l'homme (préhistorique surtout) à la surface d'une dalle ou d'un rocher. On parle alors de « pierres à cupules ».
- en architecture, une cupule est la conque décorative ou l'arrondi creusé et sculpté d'une pierre.
- en charpente, une cupule d'équarrissage est un creux peu profond laissé sur une pièce de bois, dû soit au bombé des joues et à l'épaisseur du double biseau pour les haches, soit à l'arrondi longitudinal de leur tranchant pour les doloires.
- en géomorphologie, une cupule ou kamenitza est une forme en creux que l'on trouve sur les surfaces généralement horizontales de certaines roches, surtout d'origine sédimentaires.
- en fractographie, une cupule est le nom donné à chacun des cratères observés sur un faciès de rupture ductile ; en fond de cupule on remarque alors la microparticule autour de laquelle la cupule s'est formée sous l'action de la contrainte.
- Dans l'argot du Nord Anjou : petite coupe destinée à contenir la compote.