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Depuis 2022, il préside l'association Démocratie & Spiritualité ainsi que l'Institut pour le développement de l'information économique et sociale (Idies) jusqu'en 2024, et est également éditorialiste à Témoignage chrétien.
En 2002 il devient directeur de la Caisse nationale d’assurance maladie des travailleurs salariés et participe à ce titre la création du Haut conseil pour l’avenir de l’assurance maladie et de la Haute autorité de santé. Il met notamment en place les plans de contrôle, ainsi que les actions de bon usage des médicaments (campagne "Les antibiotiques, c'est pas automatique" et création des délégués de l'assurance maladie) et contre les dépassements d'honoraires. Il inspire de nombreuses dispositions de la loi du relative à l’assurance maladie, notamment en publiant les premiers rapports sur l'exécution de l'Ondam (repris dans la loi sous le nom de "rapport charges et produits").
Entre 2009 et 2013, il crée et dirige l’Agence régionale de santé Nord–Pas-de-Calais et impulse un politique visant à lutter contre les mauvais indicateurs de santé de la région.
En il est nommé directeur général de la Caisse nationale des allocations familiales (CNAF) et assume cette fonction jusqu'au . Il met notamment en œuvre la modulation des allocations familiales, la prime d'activité et la garantie des impayés des pensions alimentaires (et crée à ce titre l'Agence de recouvrement des impayés alimentaires). À la suite des attentats de il établit une Charte de la laïcité de la Branche famille, et développe le réseau des Promeneurs du net.
En , il revient à l'Igas comme inspecteur général des affaires sociales, où il a notamment travaillé sur un numéro unique des urgences (rapport non publié), sur la compensation du handicap pour les enfants, ainsi que sur la prévention du suicide dans les prisons. Le , il a été nommé coordinateur national interministériel du plan de prévention des suicides en agriculture.
Membre du PSU de 1976 à 1984, il participe en 1980, dans le prolongement de l'animation de Germinal la revue de la Commission nationale agricole, à la création, avec Denis Clerc du journal Alternatives économiques, où il écrivait sous le pseudonyme de Daniel Joussan,. En 2008, il crée, avec Philippe Frémeaux, Dominique Méda et Camille Dorival, l'Institut pour le développement de l'information économique et sociale (Idies), qu'il préside jusqu'à sa dissolution en 2024 et participe chaque année aux Journées de l'économie (Jéco) à Lyon et aux Journées de l'économie autrement (JEA) à Dijon. Il participe également au laboratoire d'idées Terra Nova, pour lequel il a notamment rédigé un rapport sur le paiement des pensions alimentaires, dont les conclusions ont été reprises en partie par le gouvernement dans le projet de loi de financement de la sécurité sociale pour 2022.
Depuis 2020, il préside l'association Démocratie & Spiritualité, où il a succédé à Jean-Baptiste de Foucauld. A ce titre il a notamment lancé un appel à la création d'une autorité indépendante sur la laïcité et participé à la création de la collection "Démocratie & Spiritualité" aux Editions de l'Atelier.
Marianne Cerf et Daniel Lenoir, Le développement agricole en France, PUF, (médaille d'argent de l'Académie d'agriculture)
Georges Dorion et Daniel Lenoir, La modernisation de la réparation des accidents du travail et maladies professionnelles (en collaboration), La Documentation Française,