Agrégé d'histoire (1986), Vincent Duclert soutient une thèse de doctorat, intitulée L’usage des savoirs. L’engagement des savants dans l’affaire Dreyfus, 1894-2006, sous la direction de Dominique Kalifa, à l'université Paris 1 Panthéon-Sorbonne en 2009,,.
À l'occasion du centenaire de la réhabilitation d'Alfred Dreyfus en 2006, il propose le transfert des cendres de Dreyfus au Panthéon, proposition qui n'est pas retenue. En 2009, après la publication de La Gauche devant l'histoire: à la reconquête d'une conscience politique, il reçoit une lettre de Lionel Jospin, qui lui fait part de son désaccord et qui lui reproche notamment d'avoir écrit non pas un ouvrage historique mais «un pamphlet sur la gauche depuis 1971». La lettre est publiée dans le mensuel l'OURS (mensuel socialiste de critique littéraire).
Vice-président de la Société d’études jaurésiennes, il est l'auteur d’une biographie de référence de Jean Jaurès en collaboration avec Gilles Candar en 2014 (Jean Jaurès, Fayard, 2014).
En 2015, à l'occasion de la commémoration marquant le centenaire du génocide arménien, Duclert publie deux ouvrages sur le sujet: La France face au génocide des Arméniens (Fayard) et Comprendre le génocide des Arméniens (Tallandier, avec Hamit Bozarslan et Raymond Kévorkian). La même année il est co-organisateur du colloque international Le génocide des Arméniens de l'Empire ottoman dans la Grande Guerre. Cent ans de recherche.
Le , il est nommé à la tête d’une commission française d’historiens sur le rôle de la France au Rwanda chargée d’«analyser le rôle de la France durant cette période et de contribuer à une meilleure contribution et une connaissance du génocide des Tutsi» à partir d'une recherche d'archives. L'absence parmi les membres de la commission des historiens Stéphane Audoin-Rouzeau et d'Hélène Dumas, cette dernière étant spécialiste du génocide des Tutsi, suscite la polémique. En 2021, à l'occasion de la remise du rapport auprès du président Emmanuel Macron, il déclare, tout en «écartant la thèse d’une complicité dans le génocide des Tutsi», que le problème fondamental est une mauvaise compréhension de l'administration diplomatique française qui a été incapable d'anticiper la préparation du génocide en ignorant les alertes sur la radicalisation du régime d’Habyarimana. Il enterre également la thèse du «double génocide».
Le , parait Camus, des pays de liberté, biographie mêlant œuvre et vie d'Albert Camus.
Publications
(dir.) Avenirs et avant-gardes en France, XIXe – XXesiècles. Hommage à Madeleine Rebérioux avec Rémi Fabre et Patrick Fridenson), Paris, Éditions La Découverte, 1999, 439 p.
(dir.) Serviteurs de l’État. Une histoire politique de l’administration française 1875-1945, avec Marc Olivier Baruch), Paris, Éditions La Découverte, coll. «L’espace de l’histoire», 2000, 588 p.
Les archives (avec Sophie Cœuré), Paris, Éditions La Découverte, coll. «Repères», 2001, 128 p.
(coll.) La Politique et la guerre, Hommage à Jean-Jacques Becker, (collab), Éditions Viénot-Noesis, 2002 (ISBN2-914645-05-8)
Justice, politique et République, de l’affaire Dreyfus à la guerre d’Algérie (direction, avec Marc Olivier Baruch), Bruxelles, Complexe, coll. «Histoire du temps présent», 2002, 266 p.
L’histoire contre l’extrême droite. Les grands textes d’un combat français, Paris, Mille et une nuits, 2002, 128 p.
(dir.) Quel avenir pour la recherche?, avec Alain Chatriot), Paris, Flammarion, 2003, 349 p.
(dir.) Le gouvernement de la recherche. Histoire d’un engagement politique, de Pierre Mendès France au général de Gaulle (1953-1969), avec Alain Chatriot), Paris, La Découverte, coll. «Recherches», 2006, 428 p.
La France, une identité démocratique: les textes fondateurs, Paris, Le Seuil, 2008, 352 p.
La Gauche devant l'histoire: À la reconquête d'une conscience politique, Paris, Le Seuil, 2009, 176 p.
Dreyfus, Jour de gloire: L'incroyable histoire des 12 juillet de la République, suivi de «Si tu veux que je vive…», Lucie et Alfred Dreyfus par Joël Abadie, Éric Cénat et Marie-Neige Coche, Paris, Les Belles Lettres, 198 p., 2026 (ISBN978-2251459387)
L'Affaire Dreyfus. La Découverte, 2006 (1re éd. 1994). (ISBN2-7071-4793-1)
Écris-moi souvent, écris-moi longuement, correspondance de l'île du Diable, 567 p., Mille et une nuits, 2005. (ISBN2-8420-5877-1)
Alfred Dreyfus, l'honneur d'un patriote, 1260 p., Fayard, 2006. (ISBN2-213-62795-9)
Dreyfus est innocent! Histoire d'une affaire d'État, 240 p., Larousse, 2006. (ISBN2-0358-2639-X)
Dreyfus au Panthéon: Voyage au cœur de la République, 596 p., Éditions Galaade, 2007. (ISBN2-3517-6029-8)
Arménie. Un génocide et la justice (avec Thomas Hochmann & Raymond Kévorkian), Paris, Les Belles Lettres, 2025, 160 p. (ISBN978-2251457000)
Génocide des Tutsi
Commission de recherche sur les archives françaises relatives au Rwanda et au génocide des Tutsi, La France, le Rwanda et le génocide des Tutsi (1990-1994): rapport remis au président de la République le 26 mars 2021, Armand Colin, , 992p. (lire en ligne) (dit «rapport Duclert»).
Le génocide des Tutsi au Rwanda: devoir de recherche et droit à la vérité, Paris, Éditions du Seuil, (ISBN9782-021508413), sous la direction de Vincent Duclert; préface de Joseph Nsengimana; postface de Libertara Gahongayire.
↑Gaïdz Minassian et David Servenay, «Vincent Duclert: «La commission sur le Rwanda aura un pouvoir d’investigation dans toutes les archives françaises»», 5 avril 2019, sur lemonde.fr [lire en ligne].
↑Romain Gras, «Génocide des Tutsi au Rwanda – Vincent Duclert: «L’Élysée ne m’a pas imposé les noms des membres de la commission»», jeuneafrique.com [lire en ligne].