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Emmanuelle Bayer est une chercheuse française en biologie végétale, spécialiste de la communication intercellulaire par des plasmodesmes. Elle est directrice de recherche au Laboratoire de biogenèse membranaire au Centre national de la recherche scientifique (CNRS) de l'Université de Bordeaux. En 2026, elle reçoit la médaille d'argent du CNRS.
Titulaire d'une licence en sciences de la vie à l'Université de Poitiers et d'un diplôme d'ingénieure en biotechnologie à l'Université de Bordeaux, elle soutient, en 2005, sa thèse en biologie végétale à l'Université d'East Anglia au Royaume-Uni.
De 2006 à 2010, elle poursuit ses recherches postdoctorales dans le laboratoire du professeur Cris Kuhlemeier à l'Institut des sciences végétales de l'Université de Berne, en Suisse. Elle y étudie le transport polarisé de l'auxine, c'est-à-dire le déplacement orienté, de cellule en cellule, de cette hormone végétale qui participe au contrôle de la croissance et du développement des plantes. En 2010, elle est recrutée comme chargée de recherche au CNRS et rejoint le Laboratoire de biogenèse membranaire. À partir de 2013, elle y constitue une équipe consacrée à l'étude de la communication intercellulaire chez les plantes. Son propre groupe de recherche est créé en 2014.
En octobre 2018, elle devient directrice de recherche au CNRS. Elle est promue directrice de recherche de première classe en 2024. Depuis décembre 2024, elle est également directrice adjointe du Bordeaux Imaging Center (BIC) et responsable d'une équipe de recherche au Laboratoire de biogenèse membranaire.
Les recherches d'Emmanuelle Bayer portent sur la communication entre les cellules végétales. Chaque cellule végétale étant entourée d'une paroi rigide, les cellules voisines communiquent par des canaux microscopiques, les plasmodesmes, qui permettent le passage de molécules et de signaux. Emmanuelle Bayer étudie la formation de ces canaux et la manière dont les plantes contrôlent leur ouverture.
En 2017, elle obtient une bourse Consolidator Grant du Conseil européen de la recherche pour le projet BRIDGING (The function of membrane tethering in plant intercellular communication). Mené de 2018 à 2024, ce projet étudie le rôle du réticulum endoplasmique, un réseau de membranes qui traverse les plasmodesmes et forme ainsi une continuité entre les cellules voisines. Son équipe met notamment en évidence des protéines servant de points d'ancrage entre le réticulum endoplasmique et la membrane des plasmodesmes et participant au contrôle des échanges intercellulaires.
En 2024, ses travaux montrent que le réticulum endoplasmique participe à la formation des plasmodesmes lors de la division cellulaire en maintenant un lien entre les deux nouvelles cellules. Une étude publiée en 2025 montre ensuite que les plasmodesmes peuvent modifier leur diamètre et fonctionner comme des valves régulant le passage des molécules entre les cellules.
Elle est ensuite lauréate d'une bourse Advanced Grant de l'appel 2025 du Conseil européen de la recherche pour le projet ER-CONNECT (ER-across the line: the function of the ER in plant intercellular communication). Celui-ci prolonge ses recherches sur le rôle du réticulum endoplasmique dans la régulation des échanges entre cellules, notamment lorsque la plante subit un stress.