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Éric Alliez a commencé son travail avec Félix Guattari, en 1977. Son premier article est publié en 1981 dans la revue Critique, sur le livre de Toni Negri. Il écrit avec Guattari l'essai "Systèmes, structures et processus capitalistiques" en 1984. Il a été responsable de séminaire, puis directeur de programme au Collège international de philosophie à Paris, entre 1984 et 1986, puis de nouveau entre 1992 et 1998. Il a également été titulaire de la chaire d'Esthétique à l'Akademie der Bildenden Künste (Vienne, 2000-2003), directeur de recherche associé à l'École des hautes études en sciences sociales (Paris, 2002-2003) et Senior research fellow à l'IKKM (Weimar, 2010).
Il a également été Professeur invité à l'Université de l'État de Rio de Janeiro (1988-1996), à Warwick University (1999), à l'Akademie der Bildenden Künste (Vienne, 1997-2000), à Goldsmiths College (Londres, 2003) et à la Hochschule für Gestaltung (Karlsruhe, 2003-2005).
Senior research fellow au Centre for Research in Modern European Philosophie (Londres, 2004-2007), il y est titulaire de la Chaire de Philosophie française contemporaine depuis 2007, d'abord à Middlesex University (2007-2010), puis à Kingston University (depuis ). En 2011, il est élu sur la chaire de Philosophie et Créations Contemporaines en Art à l'université Paris 8.
Depuis 2005, il propose de nouvelles directions dans les relations "entre l'art et la philosophie". Il change les dimensions microesthétiques de "Deleuze et Guattari" sous les conditions de "devenir-l'autre" des forces. Alliez est un de "philosophes les plus importants inconnus", après Guattari et Deleuze.[réf.nécessaire]
Gilles Deleuze, dans sa préface du premier tome des Temps Capitaux, écrit: "C'est peut-être cette introduction de rythmes profonds dans la pensée, en rapport avec les choses et les sociétés, qui inspire le travail d'Alliez: [...] les choses, les sociétés et les pensées sont prises dans des processus [...] qui deviennent comme les conditions d'une histoire du temps"
