En 1870-1871, il travaille à l'India Office Library à Londres. Plus tard, il devient professeur de linguistique comparée à l'Université de Heidelberg (1872) et à l'Université de Strasbourg (1875). En 1877, il retourne à son alma mater à Leipzig en tant que professeur de sanskrit et directeur de l'institut indo-européaniste. Au cours de l'année universitaire 1895/96, il est recteur. Il a alors comme élèves Friedrich Delitzsch ainsi qu'Anna Leonowens qui assiste à ses cours de sanskrit de 1897 à 1901. En 1883, il est nommé membre à part entière de la Sächsische Akademie der Wissenschaften zu Leipzig (Société royale saxonne des sciences de Leipzig). Il devient membre correspondant de l'Académie bavaroise des sciences en 1905. La même année, Windisch publie sa traduction de l'épopée en vieil irlandais Táin Bó Cúailnge en allemand.
En 1873, il épouse Berta Roscher, fille de l'économiste Wilhelm Roscher. Le couple a cinq enfants, dont le théologien Hans Windisch (1881-1935).
Geschichte der Sanskrit-Philologie und indischen Altertumskunde, 2 vols, Leipzig 1917-1920 - Histoire de la philologie sanskrite et de l'archéologie indienne.
Kleine Schriften (2001) édité par Karin Steiner et Jörg Gengnagel.
Bibliographie
Das litterarische Leipzig. Illustriertes Handbuch der Schriftsteller- und Gelehrtenwelt, der Presse und des Verlagsbuchhandels in Leipzig. Fiedler, Leipzig 1897.
Hermann Christern (Hrsg.): Deutsches Biographisches Jahrbuch. Überleitungsband 2: 1917-1920. Deutsche Verlagsanstalt, Stuttgart 1921.
Franz Neubert(de) (Hrsg.): Deutsches Zeitgenossenlexikon. Biographisches Handbuch deutscher Männer und Frauen der Gegenwart. Schulze, Leipzig 1905.
Max Förster, Eugen Hultzsch: Zum Gedächtnis Ernst Windisch. Brockhaus Verlag, Leipzig 1919 (Sonderdr. aus der Zeitschrift der Deutschen Morgenländischen Gesellschaft, Bd. 73).
Johannes Hertel(de): Nekrolog auf Ernst Windisch, Leipzig 1922 (=Berichte über die Verhandlungen der Sächsischen Akademie der Wissenschaften zu Leipzig. Philol.-hist. Klasse, Band 73, Heft 2).
Eugen Hultzsch(de) (Hrsg.): Festschrift Ernst Windisch. Zum siebzigsten Geburtstag am 4. September 1914 dargebracht von Freunden und Schülern. Harrassowitz, Leipzig 1914.